L'homéopathie, du grec homoios qui veut dire semblable, repose sur l'hypothèse selon laquelle on peut guérir une maladie en administrant, en dose infinitésimale, «une substance propre à induire une maladie artificielle très similaire». Par exemple, un extrait de venin d'abeille pourra être utilisé contre une inflammation résultant d'une piqûre de guêpe. Le venin s'attaquera à l'autre venin, son semblable, pour finalement en détruire les effets.

Cette méthode a été mise au point à la fin du XVIIIe siècle par le médecin allemand Samuel Hahneman, en réaction contre la mode médicale de l'époque qui favorisait les doses massives de substances violentes, comme le mercure ou l'arsenic. Convaincu de l'importance de la force curative de la nature - Vix medicatrix naturae - Hippocrate enseignait déjà, au Ve siècle av. J.-C., que la maladie peut avoir une vertu purgative. Il insistait pour que le traitement aide la nature dans ses efforts, plutôt que de la contrecarrer. Dans les annales de la médecine, il y a d'ailleurs de nombreux exemples de maladies qui, ayant suivi leur cours jusqu'au bout, faute de médicaments pour les contrecarrer, se sont soldées par un retour étonnant de santé. Telles furent notamment les suites de l'anthrax dont Victor Hugo faillit mourir vers l'âge de soixante ans. Ce n'est toutefois pas là un argument en faveur de l'homéopathie plus que de l'allophathie.

Le médecin homéopathe attache plus d'importance à l'ensemble des symptômes de chaque patient qu'aux signes d'une maladie précise, et il recherche le médicament le plus approprié à l'ensemble de ces symptômes. A la limite, dans l'homéopathie idéale il y aurait un médicament pour chaque malade et pour chacune de ses maladies.

La différence entre la vaccination et l'homéopathie n'est pas manifeste à première vue, du moins lorsqu'il s'agit d'un vaccin comme celui que Pasteur utilisait, après la morsure, contre la rage. L'une des différences tient à la dilution du produit. Vers la fin de sa vie, Hahneman, pour éliminer tout risque d'intoxication, porta la dilution à un degré tel que le médicament n'était pratiquement plus détectable sous forme matérielle. Il donna à cette dilution le nom de potentialisation parce que, contre toute attente, il avait observé qu'elle augmentait l'efficacité du traitement.

Il s'en est suivi une controverse qui dure encore. La plupart des scientifiques ne veulent même pas envisager l'hypothèse qu'au degré de dilution préconisé par Hahnemann, les médicaments homéopathiques puissent avoir une quelconque efficacité.