Le mot infection désigne à la fois une action, la pénétration et le prolifération de micro-organismes pathogènes dans un organisme et le type de maladies qui en résulte. Les agents pathogènes peuvent être des bactéries ou des virus. Une infection généralisée est appelée septicémie

La notion de terrain est essentielle à la compréhension des maladies infectieuses. On appelle terrain l'ensemble de l'organisme touché par les micro-organismes pathogènes. Ces derniers ne devienne nocifs que là où le terrain favorise leur prolifération.

Parce que Pasteur a découvert le rôle joué par les micro-organismes, on a eu tendance à se réclamer de lui pour lutter contre les maladies infectieuses en attachant aux agents venant de l'extérieur une importance démesurée par rapport à celle qu'on accordait au terrain. Dans une conférence intitulée Le microbe et le terrain qu'il a prononcée à L'Institut Pasteur en 1973, René Dubos a montré que Pasteur ne négligeait nullement le terrain.

«Sans connaître rien des mécanismes adaptatifs, Pasteur accepte comme une vérité évidente que, dans les conditions normales, le corps humain aussi doit posséder une grande résistance aux microbes avec lesquels il entre fréquemment en contact. « Notre corps oppose naturellement une résistance au développement et à la vie des infiniment petits. Dans les conditions physiologiques normales principalement et dans une foule de circonstances, la vie arrête la vie qui lui est étrangère.» Par exemple, le tractus intestinal contient une grande variété de microbes qui deviennent cause de maladie seulement quand le corps est affaibli. « L'homme porte sur lui ou dans son canal intestinal sans grand dommage les germes de certains microbes, prêts à devenir dangereux lorsque, dans des corps affaiblis . . . leur virulence se trouve progressivement renforcée.» De même, « Si toute amputation, toute plaie n'entraîne pas nécessairement la mort lorsqu'on s'affranchit des précautions antiseptiques... cela est dû principalement à la vie, à la résistance vitale.»

Pasteur eut même l'audace intellectuelle d'affirmer que ces vues concernant les rapports entre l'état physiologique, et la résistance à l'infection sont valables aussi pour les maladies les plus graves, par exemple pour la tuberculose. « Si vous placez cet enfant dans des conditions de nourriture et dans des conditions climatériques convenables, très souvent vous le sauverez, et il ne mourra pas phtisique ....il y a peut-être plus de rapport qu'on ne saurait le dire entre tous ces caractères relatifs à la phtisie pulmonaire et les caractères relatifs à l'affaiblissement qui détermine la maladie des vers à soie.»

Il alla même jusqu'à suggérer que l'état psychique pouvait influencer la résistance aux microbes. « Combien de fois la constitution du blessé, son affaiblissement, son état moral … n'opposent qu'une barrière insuffisante à l'envahissement des infiniment petits! »

Il faut noter que l'agent pathogène ne vient pas toujours de l'extérieur. Il peut séjourner depuis longtemps dans l'organisme et devenir subitement pathogène à la suite d'un affaiblissement du terrain qui le tenait en respect. En 1973, René Dubos craignait que les infections de ce genre ne deviennent de plus en plus fréquentes.

«Les méthodes basées sur 1'immunologie classique et la chimiothérapie nous permettent de maîtriser la plupart des infections aiguës qui dominaient le tableau de la pathologie au siècle dernier. Mais un très grand pourcentage des processus infectieux caractéristiques de notre époque échappent à ces méthodes de contrôle. C'est le cas surtout pour les infections causées par les pathogènes dont nous sommes porteurs mais qui restent essentiellement inactifs dans les conditions physiologiques normales. La multiplication de ces pathogènes peut recommencer cependant dès que la résistance générale est affaiblie. Un exemple typique est fourni par le virus de l'herpès simplex labial qui est généralement acquis dans la jeunesse et persiste ensuite d'une façon latente dans les tissus, mais cause des ulcères quand certains troubles physiologiques rompent son équilibre avec les cellules qui l'hébergent. Cette activation du processus infectieux se produit en dépit du fait que le porteur possède généralement une forte immunité humorale contre le virus. J'ose prédire qu'une grande partie de la pathologie infectieuse de 1'avenir sera de cet ordre. La compréhension de son déterminisme demandera donc la connaissance non seulement des pathogènes et des réactions immunologiques qu'ils mettent en jeu, mais aussi des mécanismes physiologiques qui gouvernent les rapports entre le germe et le terrain.»