À compter de juin 1988, Robert Bourassa lui confie la présidence du Conseil du trésor. Il le confirme dans cette fonction, après l'élection générale du 25 septembre 1989, le chargeant, en outre, de présider le Comité permanent de développement du Grand Montréal. Lorsque Robert Bourassa quitte la politique, Daniel Johnson devient chef du Parti libéral.