Helmholtz commença l’étude de Kant dès 17 ans, comme simple élève du lycée Frédéric-Guillaume et la continua au cours de psychologie de Jean Muller qui lui inspira l’alliance, maintenue toute sa vie, entre la philosophie kantienne et la physiologie des sens. Nativiste à l’origine, Helmholtz s’éloigne de Kant à mesure qu’il se rapproche de l’empirisme. Mais il resta kantien en récusant toute métaphysique transcendantale et en limitant d’autant le champ de la philosophie théorique. Son appréciation du grand philosophe se voit surtout dans son discours de 1855 sur Das Sehen des Menschen. Partout il juge que rien n’a nui autant à la philosophie que sa constante confusion avec la métaphysique, c’est-à-dire avec la soi-disant science qui prétend découvrir par la pensée pure les principes primordiaux du monde. Il se rapproche le plus de Kant dans l’essai qui précéda son traité de la conservation de la force et dans l’Introduction de ce même traité qui le plaça à 26 ans au premier rang des physiciens mathématiques.